De Gezondheidsraad werd in 1902 ingesteld en valt sinds 1996 onder de Kaderwet adviescolleges. Daarin is bepaald dat de raad gevraagd en ongevraagd advies uitbrengt aan regering en parlement over allerlei gezondheidsvraagstukken, en dat de raad zijn advies baseert op de stand van wetenschap. Zie de tijdlijn hieronder voor de geschiedenis van de Gezondheidsraad.
Sinds januari 2023 is de Gezondheidsraad gehuisvest aan de Bezuidenhoutseweg 30. Een rijksmonument dat eerst diende als kantoor voor het ministerie van Landbouw, Nijverheid, Handel en Visscherij in 1917. Het is een Rijksmonument waarin nu verschillende raden zijn gehuisvest.
Zie het volledige adres en de route onder Contact.
In 2020 brak de COVID-19-pandemie uit. De Gezondheidsraad heeft tijdens die pandemie, tot en met 2023, een groot aantal (spoed)adviezen over vaccinatie tegen COVID-19 gepubliceerd. De eerste adviezen werden voorbereid door de vaste commissie Vaccinaties. Het advies Strategieën voor COVID-19-vaccinatie is gedurende de gehele pandemie als basis gebruikt voor de adviezen over de COVID-19 vaccins. Omdat al gauw duidelijk werd dat er meer adviesaanvragen zouden komen, die met spoed opgepakt en uitgebracht moesten worden, is de tijdelijke commissie Medische aspecten van COVID-19 ingesteld, die vervolgens in november 2021 haar taken overdroeg aan de tijdelijke subcommissie Vaccinaties COVID-19.
Op 14 september 2011 werd de eerste jongGR-commissie geïnstalleerd en binnen enkele maanden groeide het online netwerk met zo'n 300 enthousiaste wetenschappers. Het doel van jongGR is om talentvolle veelbelovende jonge wetenschappers te betrekken bij het werk van de Gezondheidsraad. Bovendien maken beleidsmakers deel uit van het netwerk, waardoor de werelden van beleid en wetenschap elkaar beter leren kennen. Op 15 mei 2013 werd het eerste product van jongGR, een online magazine, aan minister Schippers van VWS aangeboden. 28 mei 2013 ging de tweede jongGR-commissie van start met als thema Gezond opgroeien.
Een laatste verbreding van het werkterrein vond plaats in 2008, toen de Raad voor Gezondheidsonderzoek en de Gezondheidsraad werden samengevoegd. Sindsdien heeft de raad als wettelijke taak regering en parlement te adviseren op het gebied van de volksgezondheid en het gezondheids(zorg)onderzoek.
In 2007 werd de Raamwet sectorraden onderzoek en ontwikkeling ingetrokken. Daarmee dreigde opheffing voor de Raad voor Gezondheidsonderzoek (RGO). De opdrachtgevers van de RGO vonden de raad echter zo belangrijk dat hij werd ondergebracht bij de Gezondheidsraad. Dit besluit is in 2008 wettelijk vastgelegd in de Gezondheidswet.
De RGO werd in 1987 opgericht. Onder leiding van prof. dr. Paul van der Maas (RGO-voorzitter 2006 - 2010) vond de integratie binnen de Gezondheidsraad plaats. De huidige RGO (Raadscommissie voor Gezondheidsonderzoek) heeft binnen de Gezondheidsraad de status van beraadsgroep.
Belangrijke wapenfeiten van de RGO zijn de zogenaamde BAGO-adviezen (Brede Analyse GezondheidsOnderzoek), die een belangrijke rol speelden in de totstandkoming van ZonMw en de UMC’s.
Een volgend markant moment was het honderdjarig bestaan van de Gezondheidsraad in 2002. Ter gelegenheid daarvan verscheen het boek Paradox van wetenschappelijk gezag, waarin de doorwerking van adviezen van de raad onder de loep werd genomen.
In 1997 vond een ingrijpende herziening plaats van het stelsel van adviescolleges van de Nederlandse regering. Het aantal adviesorganen werd drastisch verkleind. De Voedingsraad ging op in de Gezondheidsraad. Een herziening van de Gezondheidswet betekende bevestiging én versterking van de positie van de Gezondheidsraad als wetenschappelijk adviescollege in het overheidsbestel. De Gezondheidsraad kreeg de taak om niet alleen de regering maar ook het parlement voor te lichten over de stand van de wetenschap op het gebied van de volksgezondheid. Dit werkterrein omvat van oudsher ook onderwerpen als voeding, milieubescherming en arbeidshygiëne.
Gaandeweg begon de Gezondheidsraad zich echter steeds meer als wetenschappelijk adviescollege te profileren: de belangenvertegenwoordigers in de raad kwamen in toenemende mate buitenspel te staan. Kort na de Tweede Wereldoorlog leidde dit tot de instelling van de Centrale Commissie voor de Volksgezondheid – tegenwoordig de Raad voor Volksgezondheid en Samenleving – als maatschappelijk college van advies voor de regering. Tien jaar later kreeg de Gezondheidsraad formeel erkenning als wetenschappelijk adviesorgaan.
Bij Koninklijk Besluit van 19 februari 1920 stelde minister Aalberse nadere regels voor de Gezondheidsraad op. Hij besloot dat de raad zich in Den Haag moest vestigen (in plaats van in Utrecht), waarmee de bewindsman de behoefte aan direct contact tussen de raad en het departement onderstreepte. De raad nam in januari 1921 zijn intrek in het pand Dr. Kuyperstraat 8, op korte afstand van het ministerie en het Binnenhof. In dit gebouw kreeg ook de hoofdinspectie, belast met de handhaving van wettelijke bepalingen betreffende besmettelijke ziekten, onderdak.
In de daarop volgende jaren bleek dat de dubbele taak – besturen én adviseren – voor problemen zorgde. De Centrale Gezondheidsraad adviseerde adequaat, maar faalde als bestuursorgaan. In 1919 bracht de tweede Gezondheidswet verandering: de regering nam zelf de leiding van het Staatstoezicht in handen en de Centrale Gezondheidsraad zou voortaan alleen nog advies uitbrengen. Vanaf dat moment bestond deze uit wetenschappers en vertegenwoordigers van maatschappelijke en beroepsorganisaties. De naam werd kortweg Gezondheidsraad. De adviezen aan de regering konden zowel maatschappelijke als wetenschappelijke vraagstukken betreffen.
In dit jaar werd krachtens de eerste Gezondheidswet (1901) de Centrale Gezondheidsraad ingesteld. De eerste Gezondheidswet regelde de instelling van een Staatstoezicht op de Volksgezondheid, dat inspecties uitvoerde. De Centrale Gezondheidsraad moest hieraan leiding geven. Die raad, bestaande uit de hoofdinspecteurs van het Staatstoezicht en particuliere deskundigen, kreeg daarnaast de taak de regering van advies te dienen.